যখন ঝিল্লিটি দীর্ঘ সময়ের জন্য সংরক্ষণ করা হয়, তখন এটি অবশ্যই ভাল কার্যকারিতা বজায় রাখতে হবে এবং ব্যবহারের মান থাকতে হবে, তাই জলরোধী এবং শ্বাস-প্রশ্বাসযোগ্য ঝিল্লির জীবন একটি গুরুত্বপূর্ণ বিষয়। অতএব, বিশেষ মনোযোগ প্রকৃত স্টোরেজ প্রদান করা উচিত। জলরোধী এবং শ্বাস-প্রশ্বাসযোগ্য মাইক্রোফিল্ট্রেশন ঝিল্লির সংরক্ষণ দুটি পদ্ধতিতে বিভক্ত: ভেজা সংরক্ষণ এবং শুকনো সংরক্ষণ। যেভাবেই হোক, উদ্দেশ্য হল ঝিল্লির হাইড্রোলাইসিস প্রতিরোধ করা, অণুজীবের বৃদ্ধি ও ক্ষয় রোধ করা এবং ঝিল্লির সংকোচন ও বিকৃতি রোধ করা।
ভিজা সংরক্ষণের চাবিকাঠি হল ঝিল্লির পৃষ্ঠকে সর্বদা সংরক্ষণ তরল দিয়ে সংযুক্ত করা, একটি আর্দ্র অবস্থায়। সংরক্ষণ সমাধানের জন্য নিম্নলিখিত সূত্রটি ব্যবহার করা যেতে পারে: জল: গ্লিসারিন: ফর্মালডিহাইড {{0}}.5:20:0.5। ফর্মালডিহাইডের কাজ হল ঝিল্লির পৃষ্ঠে অণুজীবের বৃদ্ধি ও প্রজনন রোধ করা এবং ঝিল্লির ক্ষয় রোধ করা। গ্লিসারিন যোগ করার উদ্দেশ্য হল সংরক্ষণ দ্রবণের হিমাঙ্ককে হ্রাস করা এবং ঝিল্লিকে হিমাঙ্কের দ্বারা ক্ষতিগ্রস্ত হওয়া থেকে রোধ করা। সূত্রের ফর্মালডিহাইড অন্যান্য ছত্রাকনাশক যেমন কপার সালফেট দ্বারা প্রতিস্থাপিত হতে পারে যা ঝিল্লির জন্য ক্ষতিকর নয়। সেলুলোজ অ্যাসিটেট ঝিল্লির স্টোরেজ তাপমাত্রা 5-40 ডিগ্রী এবং pH=4.5~5, অন্যদিকে নন-সেলুলোজ অ্যাসিটেট ঝিল্লির স্টোরেজ তাপমাত্রা এবং pH আরও প্রশস্ত হতে পারে।